אגף תכנון הוקם ב-2 ביוני 1948 כאגף עצמאי הכפוף לרמטכ"ל, ובראשו עמד אלוף יוחנן רטנר. תפקיד האגף היה לשאת באחריות לתכנון האסטרטגי. עיקר עיסוקיו של האגף היה תכנון כל פעולות צה"ל העתידיות, קביעת קווים מנחים לפיתוח, יצור ורכש אמל"ח, וקביעת קווים מנחים לבניית מערכי ביצורים והקמת התיישבות.
מבנה אגף התכנון ובניין הכוח מתבסס על מטה המורכב מחטיבות. המבנה ההיררכי של החטיבות, כנהוג ביחידות מטה בצה"ל, מורכב ממחלקות, ענפים ומדורים.
ראש האגף הוא אלוף אייל הראל. לראש האגף כפופות שתי חטיבות, אשר עליהן מפקד קצין בדרגת תא"ל.
חטיבת התכנון, בראשות תא"ל דרור לוי, אחראית על תכנון התוכניות הרב שנתיות של צה"ל, על התכנון והארגון במטה הכללי, לנושאי בניין הכוח, לארגון ופריסה, לתכנון הקצאות המשאבים ולתוכניות עבודה שנתיות ורב-שנתיות.
חטיבת שילו"ח, בראשות תא"ל יובל גז, אחראית על עיצוב וגיבוש שיטות לחימה רב-זרועיות חדשות, הסדרת ארכיטקטורה רב זרועית בבניין כוח וקידום חדשות אופרטיבית. בסוף שנת 2023 החל תהליך אסטרטגי לבחינת אג"ת השלם שבמסגרתו הורחבו תפקידיה של חטיבת שילו"ח בנושאי עיצוב בנין כח ארוך טווח, ארכיטקטורת צה"ל, תקינה בטחונית והובלת מערכות לבניין כח רב זרועי.
