כאשר נאשם כופר באשמה, באופן מלא או חלקי, ייערך שלב ההוכחות, שבמסגרתו יישמעו עדים ויתקבלו ראיות, וכך יברר בית הדין את השאלות שבמחלוקת
*כל המידע המפורט מובא בתמציתיות ובכלליות, ואין בו כדי להחליף עיון בהוראות הדין.
- לאחר שנאשם כפר באשמה, באופן מלא או חלקי, ייערך שלב ההוכחות, שבמסגרתו יישמעו עדים ויתקבלו ראיות, וכך יברר בית הדין את השאלות שבמחלוקת.
- דברי פתיחה: טרם שמיעת העדויות, שמורה הזכות לכל אחד מהצדדים לשאת דברי פתיחה.
- פרשת התביעה ופרשת ההגנה: תחילה, תישמע פרשת התביעה ובמסגרתה יישמעו עדי התביעה. לאחר מכן, תישמע פרשת הגנה ובמסגרתה יישמעו עדי ההגנה.
- עדות הנאשם: עדותו של הנאשם, תהיה הראשונה מבין עדויות עדי ההגנה, אלא אם התיר בית הדין לנאשם להעיד מאוחר יותר. הנאשם יכול לבחור להימנע ממתן עדות במסגרת פרשת ההגנה, אך, על-פי הדין, הימנעות ממתן עדות במשפט, עלולה לשמש חיזוק לראיות התביעה. אם יבחר הנאשם להעיד הוא צפוי להיחקר בחקירה נגדית על ידי התביעה.
- ראיות הזמה: בתום פרשת ההגנה, עשוי בית הדין להתיר לתביעה להביא ראיות הזמה, שמטרתן לסתור את טענות ההגנה בפרשת ההגנה.
- חקירת העדים: העדים ייחקרו תחילה על ידי הצד שהזמינם למשפט, ולאחר מכן ייחקרו, על דרך של חקירה נגדית, על ידי הצד השני. בהמשך, שמורה לצד שהזמין את העד האפשרות לחקור את העד בחקירה חוזרת. גם בית הדין רשאי להציג לעד שאלות.
- הזמנת עדים והמצאת מסמכים: בית הדין יזמין, לבקשת ההגנה, כל עד מטעמה, אלא אם יסבור שאין בכך כדי להועיל לבירור שאלה הנוגעת למשפט. לבית הדין סמכות גם להזמין עדים מטעמו. בית הדין רשאי, לבקשת בעל דין, לצוות על עד שהוזמן או על כל אדם אחר, להמציא לבית הדין כל מסמך שנמצא ברשותו.
- החזר הוצאות עדים: עדים שאינם בשירות צבאי, זכאים לבקש החזר הוצאות בגין הגעתם לעדות.
- טענת אין להשיב לאשמה: ככל שהתביעה לא תצליח להביא ראיות מספקות, במסגרת פרשת התביעה, להוכחת אשמתו של הנאשם, יוכל הנאשם לטעון, עוד לפני פרשת ההגנה, כי הוא אינו מחויב להשיב לאשמה ובית הדין יכריע בטענה.
- דיני הראיות: ככלל, חלים דיני הראיות הנוהגים בהליכים לפני ערכאות שפיטה אזרחיות, גם בהליכים לפני בתי הדין הצבאיים.
- סיכומים: בתום פרק שמיעת הראיות, יסכמו הצדדים את טיעוניהם, התביעה תחילה ואחריה ההגנה. לאחר מכן, תינתן הכרעת הדין.