ייעוד המערך הוא לגבש את מדיניות ביטחון המידע בצה"ל ולבקר אחר יישומה. לבצע תהליכי כשירות ביטחונית למשרתים ולמועמדים לשירות בצה"ל, לנהל חקירות ביטחוניות ולהשפיע על מאמצי רידוד יכולות מודיעין אויב וההגנה הרב מימדית. זאת במטרה למנוע דלף מידע מסווג, לסכל מאמצי מודיעין אויב, יריב וגורמים אחרים לאסוף מידע מסווג על צה"ל ולשמר חופש פעולה מבצעי, טכנולוגי ומודיעיני לצה"ל.

עם התארגנות צה"ל לאחר מלחמת יום העצמאות פקד האלוף יגאל ידין, ר' אגף המבצעים, על הקמת ש"מ 3 -  שירות ביטחון שדה. 

בפקודת ההקמה לשירות המודיעין שניתנה בשנת 1948, הוגדר ייעודו לעסוק בידיעות, באנשים, במתקנים, בקשר, בתעשיה הצבאית, בפרסומים ובמבצעים. גם כשחלפו השנים, התפתחה הטכנולוגיה והיריבים, התרבו המשימות ועימן האתגרים המבצעיים, הרי עד עצם ימנו אלה ולימים שיבואו אלו הנושאים שבהם יעסוק המערך לביטחון המידע. 

לפני מלחמת ששת הימים הוכפף ענף ביטחון שדה למחלקת ביטחון והסברה (דובר צה"ל). בשנת 1976 ולאור לקחי ועדת אגרנט הועלה מעמד ביטחון שדה למחלקה באגף המודיעין 'מחלקת ביטחון שדה' ובראשה אלוף משנה הכפוף ישירות לר' אמ"ן. 

במהלך שנת 2000 הוחלף שם המחלקה למחלקת ביטחון המידע, זאת במסגרת הסדרת סמכויות המחלקה ובכלל זאת, קביעת מדיניות הגנת המידע בצה"ל לצד היותה סמכות מקצועית, ראשית לנושא אבטחת מידע, ביטחון הקשר, האבחון הביטחוני וההונאה. 

במהלך שנת 2019, כחלק מעבודת מטה, הוכר מעמד מחב"ם כמערך מקצועי מטכ"לי – המערך לביטחון המידע.  במסגרת זאת תוקפו סמכויות המערך בתחומי החשיפה, מניעה והשפעה לטובת שמירת העליונות של צה"ל במרוצת השנים.

המערך מבוסס על כח אדם איכותי ושימוש בכלים טכנולוגיים מתקדמים המשרתים בו מוסמכים לתפקידי חקר מודיעין, סייבר, תחקור ביטחוני, אבטחת מידע וטכנולוגיה. המאפשרים מסלולי פיתוח רב תחומיים לקבע והזדמנויות לפתח קריירה בתחום. לעבוד עם גורמי הביטחון וקהילת המודיעין. 

למערך קוד אתי המשלב בין שליחות ונחישות בהובלת מאמץ ההגנה על הסוד לבין הקפדה על ערכי צה"ל – שמירה על טוהר המידות ושימוש מושכל בסמכויות.