במלחמת ששת הימים, ביוני 1967, נכבש חצי האי סיני. כתוצאה מכך התארך גבולה הימי של מדינת ישראל פי חמישה. בים התיכון סיירו משחתות וספינות טורפדו של חיל הים, לאורך חופי סיני, לאבטחת הגבול הימי. בליל 11-12 ביולי 1967, חדרו שתי ספינות טורפדו מצריות למימי צפון מערב סיני. בקרב שהתפתח מול חופי רומני, בינן למשחתת "אילת" ועוד שתי ספינות טורפדו ישראליות, טובעו ספינות הטורפדו המצריות. חיל הים המשיך בסיוריו במימי צפון סיני.
פירוט אירוע ההיעדרות-
ב-20 באוקטובר 1967, הפליגה המשחתת "אילת" ק-40, בפיקודו של סא"ל יצחק שושן ו-199 אנשי צוותו, לסיור שגרתי מול חופי סיני. למחרת ב-21 באוקטובר, ארבו למשחתת 2 ספינות טילים מצריות, מדגם "קומאר" בקרבת נמל פורט סעיד, עת שסיירה כ-26.5 ק"מ צפונית לנמל, מחוץ למים הריבוניים של מצרים. בשעה 17:32 נורה לעברה טיל "סטיקס", שמשקל ראש הנפץ שלו 500 ק"ג. מפקד המשחתת הבחין בטיל והורה לפתוח לעברו באש. הטיל פגע בחדר הדוודים של המשחתת. שתי דקות לאחר מכן, פגע במשחתת טיל נוסף, בדופן השמאלית. נגרמו נזקים כבדים ביותר ומספר הנפגעים היה גדול. דליקה פרצה במרכז המשחתת שנחצתה, כמעט, לשתיים. מערכת ההנעה שותקה, מכשירי הקשר יצאו מכלל פעולה וסירות ההצלה נהרסו. הצוות הצליח לייצב את האנייה כשירכתיה לעבר פורט סעיד. בשעה 19:25 הוקם קשר עם יחידה צבאית בסיני במכשיר קשר רזרבי. מיד אורגן מבצע חילוץ והצלה, באמצעות מטוסים ומסוקים של חיל האוויר וספינות של חיל הים שחשו למקום. בשעה 19:44, פגע בירכתי המשחתת טיל שלישי וגרם להתפוצצויות תחמושת. מפקד המשחתת הורה על נטישה. טיל רביעי נורה כאשר אנשים רבים היו במים. רבים מאלו שהצילו עצמם בזינוק למים, נפגעו מגלי ההדף התת-ימי כתוצאה מההתפוצצויות, בעת שקיעת המשחתת. בשעה 20:00 טבעה אח"י "אילת". בקרב אנשי הצוות נתגלו מעשי גבורה בהצלת נפגעים. אחדים צוינו לשבח. בשעה 21:00 החל מבצע חילוץ, בהצנחת ציוד מהאוויר. ספינות חיל הים הצטרפו לחילוץ וסרקו את האזור עד ל-24 באוקטובר. בטיבוע המשחתת "אילת" נהרגו 47 לוחמים ו-91 נפצעו. 31 מבין ההרוגים זוהו ונקברו. 16 מהלוחמים הוכרזו כחללים שמקום קבורתם לא נודע. מספר גופות לא מזוהות נטמנו בקברי אחים עליו חרוטים שמות כל הנעדרים. הטיבוע ארע 13.6 מייל צפון מערבית לנמל פורט סעיד.
עשרה ימים לאחר הטיבוע, ביצע חיל הים במשך מספר ימים חיפושים נוספים במקום הטיבוע ופיצוצים. כתוצאה מכך שקעה המשחתת בשלושה מטרים נוספים וחלקים ממנה התפזרו. החלקים הגדולים ביותר, שנותרו שלמים, הם החלק בין מדלה העוגן לחרטום וכן דופן ממרכז המשחתת לכיוון החרטום. חלק קטן מהירכתים נותר בלתי מרוסק אך שקע בבוצה שמקורה בסחף מהנילוס, המאפיין את המקום. העומק בו טבעה המשחתת הינו 10-12 פאדום. בינואר-פברואר 1968 ביצע חיל הים המצרי צלילות, במקום טביעתה של המשחתת, במטרה למצוא מכשירים ופריטים צבאים מסווגים, ככל הידוע לנו לא ביצעו המצרים פיצוצים נוספים. כתוצאה מהפיצוצים ,שביצע חיל הים, לאחר טיבוע המשחתת, צפו חלקי גופות שלא ניתן היה לזהותם והן נטמנו בקבר האחים. מצרים החזירה באמצעות הצלב האדום, שש גופות של חללי המשחתת, ארבעה מהן זוהו בוודאות ושתיים נוספות קבורות בקבר האחים.