פיקוד המרכז הוא אחד מארבעת הפיקודים המרחביים בצה"ל, וחולש על כשליש משטחה של מדינת ישראל
מפקדת הפיקוד ממוקמת בסמוך לשכונת נווה יעקב בצפון ירושלים. מחנה המפקדה נקרא "מצודת נחמיה", על שמו של האלוף נחמיה תמרי, שנהרג במקום בהתרסקות מסוק בשנת 1994, כאשר היה מפקד הפיקוד. מפקד הפיקוד הוא קצין בדרגת אלוף שחבר בפורום מטכ"ל, ומשמש כריבון בשטחי יהודה ושומרון.
בפיקוד פועלים כוחות צה״ל 24/7 לסיכול תשתיות טרור, תפיסת אמצעי לחימה ועצירת מבוקשים העוסקים בטרור עממי ופחעי. הכוחות בפיקוד המרכז דרוכים בכל עת על למנת לסכל ניסיונות פיגוע ולהגן בצורה הטובה ביותר על תושבי הגזרה
לפיקוד כפופות ישירות אוגדת יהודה ושומרון ותחתיה שש חטיבות מרחביות: מנשה, שומרון, אפרים, בנימין, עציון, יהודה.
חטיבה מרחבית נוספת היא חטיבת הבקעה והעמקים אשר חולשת ומגנה על הגבול הישראלי עם ירדן. תחת החטיבה יושבים שני גדודי החי״ר גבולות ׳אריות הירדן׳ ו׳לביאי הבקעה׳
ואוגדת ׳עוצבת האש׳ ותחתיה שתי חטיבות אורגניות סדירות- צנחנים, קומנדו ו5 חטיבות מילואים של האוגדה.
תחת הפיקוד נמצא גם בסיס האימונים הפיקודי (בא"פ) לכיש ומתאמנים בו כל הכוחות שנכנסים לתעסוקה מבצעית בגזרת יהודה ושומרון או הבקעה בהתאם לאתגרים הצפויים לכוח בגזרת הפיקוד. בא"פ לכיש מכיל בתוכו את בית הספר לגששים, בית ספר להגנת היישובים, בית הספר ללחימה ובית הספר לנהיגה מבצעית.
בפיקוד תשעה אגפים, שבראש כל אחד מהם עומד קצין בדרגת אלוף-משנה: מודיעין, הנדסה, טכנולוגיה ואחזקה, לוגיסטיקה, שלישות, מבצעים, רפואה, קשר וקשת צבעים. האגפים וחייליהם בעלי יכולת תכנון, תכלול, וראייה מרחבית על הנעשה בגזרת הפיקוד כולו, ובהתאם לכך עובדים כל העת על התייעלות, הפקות לקחים ויוזמת פרויקטים חדשים.
המלחמות והמבצעים שבהם הפיקוד לקח חלק הם- מלחמת השחרור, מלחמת ששת הימים, מלחמת ההתשה, חומת מגן, האינתיפדה הראשונה. החל מהאינתיפאדה הראשונה מתמקד הפיקוד בעיקר בביטחון שוטף בגזרתו.