פיקוד המרכז הוא אחד מארבעת הפיקודים המרחביים בצה"ל, וחולש על כשליש משטחה של מדינת ישראל

מפקדת הפיקוד ממוקמת בסמוך לשכונת נווה יעקב בצפון ירושלים. מפקד הפיקוד הוא קצין בדרגת אלוף שחבר בפורום מטכ"ל, ומשמש כריבון בשטחי יהודה ושומרון.

בפיקוד נעשים מאמצים רבים לסכל פיגועים, לתפוס אמצעי לחימה ולעצור מבוקשים החשודים בפעילויות טרור עממי וחשודים הפעילים בארגוני טרור.

לפיקוד כפופות ישירות אוגדת יהודה ושומרון, "עוצבת האש" ו-"עוצבת עידן". תחת הפיקוד 7 חטיבות מרחביות: מנשה, שומרון, אפרים, בנימין, עציון, יהודה, וחטיבת הבקעה והעמקים. 3 חטיבות אורגניות פועלות תחת הפיקוד: צנחנים, קומנדו וכפיר, וכן 5 חטיבות מילואים והגדוד המעורב "אריות הירדן".

בסיס האימונים הפיקודי (בא"פ) לכיש שייך גם הוא לפיקוד, ומתאמנים בו כל הכוחות שנכנסים לתעסוקה מבצעית בגזרת יהודה ושומרון או הבקעה בהתאם לאתגרים הצפויים לכוח בגזרת הפיקוד.

בפיקוד תשעה אגפים, שבראש כל אחד מהם עומד קצין בדרגת אלוף-משנה: מודיעין, הנדסה, טכנולוגיה ואחזקה, לוגיסטיקה, שלישות, מבצעים, רפואה, קשר וקשת צבעים. האגפים וחייליהם בעלי יכולת תכנון, תכלול, וראייה מרחבית על הנעשה בגזרת הפיקוד כולו, ובהתאם לכך עובדים כל העת על התייעלות, הפקות לקחים וייזום פרויקטים חדשים.

מחנה המפקדה נקרא בעבר "מצודת כפיר", אך כיום שמו הוא "מצודת נחמיה", על שמו של האלוף נחמיה תמרי, שנהרג במקום בהתרסקות מסוק בשנת 1994, כאשר היה מפקד הפיקוד.

במלחמת השחרור היה הפיקוד אחראי על המלחמה מול ירדן, בעיקר על הדרך לירושלים ועל העיר עצמה וכן על כיבוש המשולש הקטן, לוד ורמלה. במלחמת ששת הימים היה הפיקוד אחראי על כיבוש יהודה ושומרון מירדן. החל מהאינתיפאדה הראשונה מתמקד הפיקוד בעיקר בביטחון שוטף בגזרתו.