בשנת 2000 האלוף במילואים ח"כ אלעזר שטרן, בעודו מכהן כקצין החינוך והנוער הראשי החליט על הקמת קורס נתיב בצה"ל. המטרה - לאפשר לכל חייל או חיילת, בהתאם לרצונם ועל פי בחירתם, לחזק את זהותם היהודית-ציונית ולאפשר להם להתכונן ולעבור את תהליך הגיור במסגרת הצבא. הקורס נפתח תחילה בבסיס חיל החינוך "מחו"ה אלון", ולאחר מכן התרחב למתקנים אזרחיים נוספים ברחבי הארץ.
מהלך הגיור בצה"ל מורכב ממספר שלבים:
1. קורס בסיסי – הקורס עוסק בזהות האישית ישראלית-ציונית-יהודית תוך הסתכלות רחבה על ההיסטוריה של עם ישראל, מדינת ישראל וארץ ישראל. תכני הקורס מועברים בעזרת סיורים וטיולים, מפגשים עם אנשים שונים, פעילות בקהילה והרצאות בכיתה. אורך הקורס בין 4-6 שבועות, זאת בהתאם למתכונת הקורס - קורס בבסיס פתוח או קורס בבסיס סגור.
לאחר הפסקה של שבועיים, מסיימי קורס נתיב בסיסי ממשיכים לסמינר א'.
2 . סמינר א' – החיילים יעברו העמקה בעולם היהודי על כל גווניו ורבדיו, תוך היכרות מעמיקה יותר עם אורח החיים היהודי, תפילות, הלכות, מנהגים ועוד.
בסוף הסמינר מתקיימת הדמיה של מעמד בית הדין - מגיעים דיינים, מכירים את החיילים ובודקים היכן נמצאים בתהליך. אורך הסמינר 3-4 שבועות (בהתאם למתכונת - פתוחה/סגורה) ובסיומו יוזמנו החיילים, לסמינר ב'.
3. סמינר ב' – בשלב זה החיילים לומדים ומעמיקים באופן יסודי בדת היהודית, לומדים, "הלכה למעשה", את אורח החיים היהודי, ונערכים לשלב מעמד בית הדין. אורך הסמינר 3-4 שבועות (בהתאם למתכונת פתוחה/סגורה)
4. מעמד בית הדין – עם סיום הסמינרים, החיילים המעוניינים בכך יוכלו לגשת לבית דין צבאי לגיור. מעמד זה כולל מפגש עם דיינים, המתקיים כחודש לאחר סיום סמינר ב'. בסופו ועל פי העמידה בתנאים הנדרשים, מקבלים החיילים תעודת המרה.
סגל המפקדים וסגל המרצים האזרחים, מובילים את הסמינר ותומכים באופן אישי בחיילים במהלכו ואף לאחר מעבר בית הדין וקבלת תעודת המרה.
את הקורס ואת התהליך כולו, מוביל חיל החינוך והנוער בשיתוף עם המרכז הלאומי לזהות ולגיור והרבנות הצבאית. סגל צבאי ואזרחי אמון על העברת תכנים עיוניים ומעשיים, שיעורים בכיתה וסיורי שטח, על מנת לאפשר לחיילים ולחיילות המעוניינים בכך, להמשיך לתהליך הגיור בצורה הטובה ביותר.
צה"ל שם את הפרט במרכז, ופועל מתוך רצון לתמוך בכל חייל וחיילת המעוניינים לעבור גיור ולאפשר להם לחזק את זיקתם להיסטוריה ולתרבות הישראלית, כחיילים במדינה יהודית ודמוקרטית.