בסוף חודש ספטמבר 2000, החלה 'האינתיפאדה השנייה', או כפי שנקראה בשפה הצבאית: אירועי גאות ושפל. האינתיפאדה אופיינה בגלים עולים ויורדים של פיגועים שדעכו לקראת 2004-2005. בשנים אלו נהרגו כ-1,000 אזרחים וחיילים ישראליים, ונפצעו כ-3,000 נוספים.
במהלך חודש מרץ 2002 הגיע גל הפיגועים לשיאו, כאשר במהלך החודש נהרגו 131 ישראלים מפעולות טרור, פיגועי ירי ו-17 מחבלים מתאבדים שהתפוצצו. הפיגועים הבולטים היו בבית קפה בשכונת בית ישראל בירושלים, שם נהרגו 11 אנשים ובהם חמישה ילדים, והפיגוע בבית מלון פארק בנתניה. פיגוע זה נחשב עד היום לאחד הקטלניים ביותר, הוא התרחש בליל הסדר, ב-29 במרץ 2002, בו מחבל מתאבד הפעיל מטען נפץ רב עוצמה והרג 30 מאורחי המלון ופצע עוד 150.
תמונות הטבח קטעו את אווירת החג בבתי ישראל, ועוד באותו הלילה התכנסו הקבינט הביטחוני וצמרת צה"ל מתוך הבנה שהפעם יש לישראל לגיטימציה פנימית וחיצונית להגיב לפיגוע באופן נרחב יותר, והחליטו לצאת למבצע צבאי נרחב בשטחי יהודה ושומרון - מבצע "חומת מגן".
מטרות המבצע הוגדרו כך על ידי ראש הממשלה שרון:
"לחיילי צה"ל ולמפקדיו ניתנו הוראות ברורות: להיכנס לערים ולכפרים שהפכו מקלט לטרוריסטים; לתפוס ולעצור מחבלים, ובעיקר את שולחיהם ואת אלה המממנים אותם ונותנים להם חסות; לתפוס ולהחרים נשק ואמצעי לחימה שמיועדים לפגוע בישראל; לחשוף ולהשמיד מתקני טרור, מעבדות חבלה, מפעלי ייצור נשק ומתקני מסתור. הפקודות הן ברורות: לפגוע בכל מי שיאחז בנשק ולשתק כל מי שינסה להתנגד לפעולת הכוחות ולסכן אותם, ולהימנע מפגיעה באוכלוסייה האזרחית".
שם המבצע, חומת מגן, ניתן על ידי גל הירש- קצין האג"ם של פיקוד מרכז, שמשמעותו- לשים חומת מגן בין הטרור לאזרחים. השם נלקח מתוך השיר של חיים חפר- 'בין גבולות', שדיבר במקור על ליווי של שיירות מעפילים. כ-25 אלף חיילי מילואים בשש חטיבות נקראו לשירות ב'צו שמונה'- וההתייצבות הייתה של מעל 100% ,כאשר חיילים נאבקים האחד עם השני על מקום בהסעה לשטחי הכינוס. חיילי הסדיר והמילואים הרגישו שהם ממש נלחמים על הבית שלהם.
במבצע חומת מגן נלחם צה"ל בכל ערי יהודה ושומרון למעט יריחו וחברון.
הנסיגה מערי איו"ש החלה ב21/4 והמבצע הסתיים.
ב"חומת מגן" נהרגו 28 חיילים, קצינים ושוטרי מג"ב ביהודה ושומרון, חייל נוסף ושני שוטרי מג"ב נהרגו ברצועת עזה, נפצעו 185 חיילים ומפקדים, מהם שבעה קשה. בלחימה נהרגו כ-200 פלסטינים, נלכדו 56 מבוקשים בכירים, עשרה מתאבדים פוטנציאליים ואלפי חשודים. הושמדו 50 מעבדות נפץ ונאספו אלפי כלי נשק, עשרות מנועי רקטות וטילי נ"ט, אך ההישג העיקרי של מבצע חומת מגן היה החזרת חופש הפעולה של צה"ל בכל שטחי יהודה ושומרון ושיפור האחיזה המודיעינית בשטח.