אחד האגפים של המטה הכללי, המופקד על מתן התרעה מפני מלחמה ועל פעולות איבה וטרור, הערכת המודיעין הלאומית במישור הצבאי, המדיני והטכנולוגי, מתן מודיעין שוטף והפצתו לדרגי צה"ל, לשר הביטחון, לממשלה ולגורמים ממלכתיים ונשיאה באחריות המודיעין המסכל בצה"ל

המאה ה-21 מציבה בפני אגף מודיעין אתגרים חדשים. ההתעצמות הצבאית והטכנולוגית של צבאות מדינות ערב, במקביל לפעילות הולכת וגוברת של ארגוני הטרור והטרור העולמי המהווה איום אסטרטגי עולמי, מחייבות את האגף לרכז משאבים עצומים במעקב הדוק אחר תהליכים אלו - במטרה להתמודד עם האיומים על מדינת ישראל.

המעקב אחר התעצמות צבאות מדינות ערב ופעילות ארגוני הטרור כרוך באיסוף שיטתי, מעמיק וממצה של מידע על האמצעים המופעלים בגופים אלו ועל כוונותיהם העתידיות.

חיילי המודיעין פועלים לשיפור מתמיד של יכולות האיסוף והעיבוד המודיעיניות ולשכלול אמצעי הפצת המידע המודיעיני, הן לדרג מקבלי ההחלטות והן לדרגי השדה.

משימות האגף:

1. 
התראה למלחמה: אמ"ן (ובראשו ראש אמ"ן) הינו המתריע הלאומי למלחמה ואחראי על גיבוש תמונת המצב המודיעינית הכלל-גזרתית, ממנה נגזרים איומי הייחוס של מדינת ישראל

2. גיבוש תמונת מצב מודיעינית בשגרה ובחירום

3. בט"ש: העברת ידיעות מודיעיניות לכוחות לוחמים לצורך ביטחון שוטף ושמירה על הפסקת אש

4. מב"ם: העברת מודיעין קונקרטי לפעולות ממוקדות אשר מטרתן דחיית העימות הבא. זאת על ידי מניעה מהאויב לפתח יכולות שיאפשרו לו להפר את מאזן ההתרעה של ישראל מול אויביהם ושישנו את יחסי הכוחות האזוריים