מערכת את"צ

בראשות המטה עומד קמנ"ר (קצין מודיעין ראשי). להלן היחידות תחת פיקודו:

תוא"ר (מחלקת תכנון וארגון): אחראית על ארגון היחידות, לתכנון והקצאת המשאבים הנדרשים לפעילותן (תקציב ותקני כוח אדם) ובקרתן.

מד"ה (מחלקת מדעי ההתנהגות): מערך מדעי התנהגות של אמ"ן עוסק בכלל תחומי מדעי ההתנהגות של החיל בינהם, מיון, אבחון, פיתוח מפקדים במסגרת קורסי הפיקוד וקבוצות מצוינות, כלי הערכה, מחקר וסיקור מדעי ההתנהגות וייעוץ ארגוני לכלל מפקדי החיל.

ב"ם חמ"ן: אחראית לקבוע, לאכוף ולבקר את מדיניות ביטחון המידע באמ"ן ובכלל זאת, אבטחת המידע במערכות התקשוב והאמל"ח, ביטחון הקשר, ההתאמה הביטחונית, איום לוחמת המחשבים וסיכוני דלף המידע במטרה לסכל מאמצי מודיעין אויב לאיסוף מידע אודות אמ"ן ויחידותיו.

בו"ם (ענף ביקורת ומעקב): יחידת הביקורת הפנימית מטעם קמנ"ר. מטרתה להביא לעליה ברמת המוכנות  התפעולית של יחדת אמ"ן לצורך מתן מענה למשימותיהם.

משא"ן (מחלקת משאבי אנוש): אחראית על איתור, מיון, קליטה, שיבוץ כוח אדם, תכנון הכשרה, ושימור כוח אדם איכותי ופיתוח מקצועי וטיפול בפרט בחמ"ן.

מערך תל״ם (תשתיות, לוגיסטיקה ומעבר אמ״ן לנגב): אחראי על פיתוח והובלת פתרונות לוגיסטיים ותפעוליים לאמ״ן, המאפשרים עמידה ביעדים המבצעיים. לצד זה, אחראי המערך על יצירת סביבת עבודה תומכת לפרט ומעטפת שירותים איכותית ברמה גבוהה ומקצועית. בנוסף, המערך מוביל את פרוייקטי אמ״ן בנגב ואת הכנת אמ״ן לקראת המהלך.

ספיריחידת ספיר מתכננת, מקימה, מפעילה ומתחזקת תשתיות תמסורת, רשת ומרכזי מחשוב. בנוסף, היא פותחת שירותי ענן ותומכת את כלל משתמשי אמ"ן ביחידות, במערכים ובדרג הנפרש – זאת, על מנת להוביל את אמ"ן לשילוביות זרועית וצה"לית ולהגברת האפקטיביות המבצעית.

מרו"ם (מערכות מידע, רשתיות ואמל"ח): מחלקת מרו"ם מובילה את המהפכה הדיגיטלית באמ"ן ובצה"ל, במחלקה אסטרטגית המגבשת ארכיטקטורה דיגיטלית רשתית המאפשרת את הפקת, עיבוד ומיצוי המידע לכדי מודיעין והחלאות מבצעיות. 

יחידת הפיתוח של אמ"ן: אחראית על פיתוח ותחזוקת מערכות מודיעיניות במרחב האמ"ני.

צנזורה: אחראית על מניעת פרסום מידע גלוי באמצעי התקשורת שעלול לפגוע בביטחון המידע\או להביא תועלת לאויב.

מערך ההדרכה: מערך ההדרכה למודיעין ולסייבר יגדיל את האפקטיביות המודיעינית של חיילי אמ"ן ומפקדיו תוך שיתוף פעולה הדוק עם המערכים. זאת, באמצעות הנחייה מקצועית, הכשרה, הסמכה, ופיתוח מפקדים לכלל מקצועות המודיעין והסייבר בגישה ובסביבת למידה חדשנית התואמת את הצורך האמ"ני. כל אלו, תוך הקניית ערכי צה"ל ואמ"ן לעיצוב דמות המשרתים באמ"ן.