לבית הדין הצבאי סמכות לדון בעבירות צבאיות ייחודיות הקבועות בחוק השיפוט הצבאי ובעבירות אחרות על-פי חוקי מדינת ישראל
*כל המידע המפורט מובא בתמציתיות ובכלליות, ואין בו כדי להחליף עיון בהוראות הדין.
- חוק השיפוט הצבאי מונה רשימה של עבירות צבאיות ייחודיות, שבגינן ניתן לשפוט בבתי הדין הצבאיים בלבד. בין העבירות הצבאיות שאליהן מתייחס חוק השיפוט הצבאי, ניתן להצביע על היעדר מן השירות שלא ברשות, עריקה, בגידה, מרידה, גילוי ידיעות, נטישת משמרת, אלימות כלפי מפקד, שימוש בלתי חוקי בנשק ועוד.
- לבתי הדין הצבאיים סמכות שיפוט גם בעבירות פליליות אחרות על חוקי מדינת ישראל. סמכותם של בתי הדין הצבאיים בעבירות שאינן צבאיות, מקבילה לסמכותם של בתי המשפט במערכת האזרחית. השאלה אימתי יישפט חייל בגין עבירה פלילית שאינה על-פי חוק השיפוט הצבאי, תוכרע בהתאם למידת הזיקה שבין המסכת העובדתית אשר בבסיס העבירה לבין השירות הצבאי. כאשר מדובר בעבירה שאינה צבאית והיועץ המשפטי לממשלה סבור, כי היא לא נעברה במסגרת הצבא או עקב השתייכותו של הנאשם לצבא, רשאי הוא להורות על העברת הדיון המשפטי לבית משפט של ערכאה אזרחית.