בתחילת המשפט מקריא בית הדין את כתב האישום לנאשם ומוודא כי הוא מובן לו
*כל המידע המפורט מובא בתמציתיות ובכלליות, ואין בו כדי להחליף עיון בהוראות הדין.
- הקראת כתב האישום: בתחילת המשפט יקריא בית הדין לנאשם את כתב האישום ויוודא כי הוא מובן לו.
- מותב "דן יחיד": על פי חוק השיפוט הצבאי, נתונה סמכות שיפוט לשופט דן יחיד בעבירות של היעדר מן השירות שלא ברשות, בריחה ממשמורת, עבירות סמים של שימוש או החזקה לצריכה עצמית, ובעבירה של סירוב להיבדק לשם גילוי שימוש בסמים מסוכנים.
לבקשת התביעה הצבאית ולאחר בחינת עמדת ההגנה, רשאי נשיא בית הדין המחוזי המתאים להורות כי הדיון בעבירות אלו ייערך לפני הרכב של שלושה שופטים.
- מותב של שלושה שופטים (הרכב): יתר העבירות וכן עבירות סמים חמורות, ועבירות היעדר מן השירות שלא ברשות חמורות, יידונו לפני הרכב של שלושה שופטים. לפחות אחד מחברי ההרכב יהיה שופט משפטאי (שופט מקצועי, המשתייך ליחידת בתי הדין הצבאיים ומתמנה על-ידי נשיא מדינת ישראל, על-פי בחירתה של הוועדה למינוי שופטים צבאיים, בתהליך הדומה לתהליך מינוי שופטים במערכת השיפוט האזרחית), ואחד מהם, לפחות, יהיה שופט צבאי (קצין שמונה על-ידי ראש המחוז המשפטי). דרגתם של השופטים לא תהיה למטה מדרגת הנאשם. ראש המותב יהיה השופט בעל הדרגה הגבוהה ביותר. הוא נקרא אב בית הדין והוא מנהל את הדיון.
- פסלות שופט: בפתח ההליך, לאחר זיהוי הנאשם, רשאי מי מן הצדדים להעלות טענת פסלות כנגד השופטים במותב. בית הדין שלפניו נטענה טענת פסלות ידון בה לאלתר. על החלטה בעניין פסלות שופט, רשאי בעל דין לערער לפני בית הדין הצבאי לערעורים תוך שלושה ימים מיום נתינתה ועליו להודיע לבית הדין על רצונו לערער מיד עם נתינתה.
- טענות מקדמיות: הנאשם רשאי להעלות טענות מקדמיות (כגון: טענה לחוסר סמכות, טענה של פגם או פסול בכתב האישום, התיישנות, הגנה מן הצדק ועוד). בית הדין רשאי לדון ולהכריע בטענות בטרם יתבקש הנאשם להשיב לאשמה, אך אפשר שההכרעה בטענות תידחה לשלב מאוחר יותר במשפט.
- מתן תשובה לאשמה: נאשם רשאי לכפור בעובדות כולן או חלקן, להודות בעובדות שנטענו בכתב האישום, כולן או חלקן או לטעון לעובדות נוספות.
- טענת אליבי: על נאשם הטוען, כי בזמן ביצוע העבירה המיוחסת לו הוא היה במקום אחר (טענת אליבי) להעלות את הטענה בשלב זה.
- טיעונים לעונש: נאשם שהודה באשמה, יורשע על-פי הודאתו בעבירות שיוחסו לו בכתב האישום. לאחר מכן, יישמעו טיעוני הצדדים לגבי מידת העונש ובהמשך ייגזר דינו של הנאשם.
- הסדר טיעון: בעלי הדין רשאים לגבש הסדר טיעון ביניהם. הסדר הטיעון עשוי לכלול הסכמה לעניין פרטי האישום שייוחסו לנאשם, ללא הסכמה על רכיבי העונש, והוא עשוי לכלול גם הסכמה על העונש. בית הדין אינו מחויב לכבד את הסכמת הצדדים לעניין עונשו של נאשם.
- הנאשם חייב להתייצב לכל הדיונים בעניינו במועדים שנקבעו.
- מועדי הדיון יודעו לנאשם בהזמנה שיקבל לידיו או במהלך הדיון בעניינו.
