בית הדין הצבאי לתעבורה ממוקם בקרייה המשפטית במחנה בית ליד.

בבית הדין הצבאי לתעבורה נדונות עבירות תעבורה המיוחסות לחיילים, למשרתי קבע ולאזרחים עובדי צה"ל, שבוצעו בעת נהיגה ברכב צבאי, או ברכב "אזרחי", במקום הנמצא בפיקוחו או בשליטתו של צה"ל.

בית הדין הצבאי לתעבורה דן בעבירות לפי פקודת התעבורה [נוסח חדש], ותקנות התעבורה, התשכ"א-1961, וכן בעבירות צבאיות ייחודיות, כדוגמת שימוש ברכוש צבאי שלא ברשות הצבא, לפי סעיף 79 לחוק השיפוט הצבאי, התשט"ו – 1955, כאשר רכב צבאי הוצא מרשות הצבא ללא רשות; אי קיום הוראות המחייבות בצבא לפי סעיף 133 לחוק השיפוט הצבאי, במקרים של נהיגה ללא רישיון נהיגה צבאי; נהיגה ללא רישיון נהיגה מתאים לסוג הרכב.

המשפטים בבית הדין הצבאי לתעבורה מתבררים לפני שופט משפטאי, כדן יחיד.

על החלטות ופסקי דין של בית הדין הצבאי לתעבורה יש זכות ערעור לבית הדין הצבאי לערעורים.

בית הדין הצבאי לתעבורה רשאי לדון נאשם שלא במעמד תובע צבאי. אולם, אין בכך כדי למנוע מבית הדין להורות, בכל שלב של הדיון, על התייצבות תובע צבאי, ואין בכך כדי למנוע מהתובע להתייצב אם ראה לעשות כן. במקרה שבו הורה בית הדין לתובע הצבאי להתייצב, זכאי הנאשם לייצוג של סניגור. כאשר מתקיים הדיון בתיקי תעבורה שלא בנוכחות תובע וסניגור באולם, אין חובה למנות לנאשם סניגור צבאי, אך קיימת לנאשמים זכות לקבל ייעוץ משפטי מהסנגוריה הצבאית. כל נאשם זכאי להיות מיוצג על ידי עורך דין מטעמו, שלא דרך הסנגוריה הצבאית.

בית הדין הצבאי לתעבורה רשאי לדון נאשם שלא בפניו, אם הנאשם לא התייצב למשפט ובית הדין סבור כי הנאשם הוזמן כדין וכי אין צידוק לאי-התייצבותו, או אם ביקש הנאשם בכתב לקיים את הדיון שלא בפניו. במקרה שבו נדון נאשם שלא בפניו, לא ניתן להטיל עליו עונש מחבוש בפועל או מאסר בפועל לתקופה של יותר משבועיים, או עונש של הורדה בדרגה. כאשר ניתן פסק דין מרשיע שלא בפני הנאשם, רשאי בית הדין לבטלו ולדון את הנאשם שנית על פי אותו כתב אישום, אם הגיש הנאשם בקשה מנומקת לכך תוך חמישה עשר יום מהמועד שנמסרה לו הודעה על פסק הדין.

במקרים שבהם התביעה הצבאית אינה מבקשת להיות נוכחת בדיון, יכול הנאשם להודיע לבית הדין בכתב שהוא מודה באשמה ומבקש להישפט שלא בפניו. בית הדין רשאי לקבל את הודאתו, לשפוט את הנאשם שלא בפניו, ולהודיע לו על העונש שהוטל עליו. הצדדים להליך המשפטי רשאים להודיע לבית הדין כי נקשרו ביניהם בהסדר טיעון, ובהתאם להעביר הודעה בכתב על הסדר הטיעון, שאליה מצורף מסמך הסדר טיעון שחתום על ידי הנאשם או סנגורו והתביעה הצבאית, בצירוף בקשה של הנאשם להישפט שלא בפניו.

בסמכות בית הדין הצבאי לתעבורה להטיל עונשים של: פסילת רישיון נהיגה בפועל (הן רישיון נהיגה אזרחי הן רישיון נהיגה צבאי), קנס או פיצויים, ופסילת רישיונות נהיגה על תנאי. בסמכות בית הדין הצבאי לתעבורה להטיל אף עונש מאסר בפועל, מאסר על תנאי והורדה בדרגה. במקרים חמורים ייתכנו גם עונשי מאסר בפועל, מאסר על תנאי ופגיעה בדרגה, אך בית הדין הצבאי לתעבורה אינו מוסמך להטיל עונש מאסר לתקופה העולה על שנה, ועונש של הורדה בדרגה כשדרגת הנאשם היא רב-סמל ומעלה.

בעבירות חמורות, שנעברו תוך נהיגה ברכב צבאי, עשויה התביעה הצבאית להגיש את כתב האישום לבית הדין הצבאי המחוזי ולא לבית הדין הצבאי לתעבורה, ואז יידון התיק בפני הרכב של שלושה שופטים, על סמכויות הענישה הכלליות הנתונות לבית הדין הצבאי המחוזי.