בית הספר למשפט צבאי אמון על ההכשרות בצה"ל בתחום המשפט הצבאי ועל הפיתוח המקצועי של המשרתים בפרקליטות הצבאית. בנוסף, בית הספר מכשיר ומסמיך את קציני צה"ל לשפוט בדין משמעתי, ומפקח על ההליכים המשמעתיים המתנהלים בצה"ל. ביה"ס מרכז גם את הטיפול בגיבוש המלצות צה"ל ביחס לבקשות חנינה המוגשות על-ידי חיילים.

ההכשרות המועברות על-ידי קציני בית הספר למשפט צבאי למפקדי ולחיילי צה"ל כוללות לימוד שיטתי של המשפט הצבאי, ניתוח אירועי אמת ולקחים העולים מהם, ביצוע סדנאות מעשיות, שימוש באמצעי הדרכה מתקדמים והעברת מבחני הסמכה במקרים המתאימים. הנושאים העיקריים בהם עוסקות ההכשרות הם תחומי המשפט הבין-לאומי הרלבנטיים להפעלת הכוח בצה"ל, ונושאים משפטיים נוספים הנוגעים לפעילות הצבאית, כגון אחריותם המשפטית של מפקדים לנעשה תחת פיקודם. בית הספר למשפט צבאי מפעיל בין היתר מנהלת תרגילים, שתפקידה לאתגר את מפקדי צה"ל בהיבטים משפטיים של סוגיות מבצעיות, במסגרת התרגילים הנערכים בצה"ל מעת לעת.  

בית הספר למשפט צבאי אמון גם על הכשרתם והסמכתם של קציני וחיילי הפרקליטות הצבאית בעת קליטתם ביחידה ובמהלך שירותם. מזה עשרות שנים מתקיים בבית הספר קורס קציני משפטים, השלמה חילית המהווה את קורס הדגל של הפרקליטות הצבאית. הקורס מהווה גשר בין לימודי המשפטים לעולם הצבאי, ומכשיר מדי שנה את הקצינים החדשים למילוי התפקידים המאתגרים המוטלים עליהם עם הצטרפותם לשורות הפרקליטות הצבאית. בבית הספר מתקיימים גם קורסי פיקוד וניהול מתקדמים לקצינים, קורס מש"קי משפט, ועוד. כמו כן, מתקיימים בבית הספר השתלמויות מקצועיות, ימי עיון וכנסים.

תפקיד נוסף של בית הספר למשפט צבאי הוא להכשיר מפקדים לשפוט חיילים בהליכים משמעתיים ולהסמיך אותם לכך. קציני בית הספר מכשירים את כלל הקצינים בצה"ל לשמש כקציני שיפוט, ומקיימים הכשרות ייעודיות לקצינים בכירים ולקצינים אשר מונו לשפוט בעבירות ייחודיות.

בית הספר למשפט צבאי מנחה ומייעץ למפקדים ולחיילים בנוגע להליכים המשמעתיים, באמצעות מוקד פניות ייעודי.  בית הספר מייעץ באופן שוטף למפקדים בנוגע לסמכויותיהם והאופן בו נכון לנהל את ההליכים המשמעתיים אותם הם מקיימים ומהווה כתובת לכל חייל המעוניין לקבל מידע על אודות זכויותיו ולשאול שאלות בנוגע להליך משמעתי שבפניו הוא עומד.

בית הספר למשפט צבאי פועל מטעם סגן הפרקליט הצבאי הראשי, כגורם המרכז את הפיקוח על אופן ניהולם של הליכים משמעתיים בצה"ל. קציני בית הספר מסייעים לסגן הפרקליט הצבאי בבירור טענות המועלות על-ידי חיילים בקשר לתקינות ההליכים המשמעתיים שהתנהלו בעניינם, ובטיפול במקרים הרלבנטיים המצריכים את התערבותו בהליכים - לרבות, ביטולם או מתן הוראות על קיום מחדש של ההליכים. הכל, בהתאם לסמכויות הנתונות לסגן הפרקליט הצבאי הראשי על-פי חוק השיפוט הצבאי.   

בית הספר למשפט צבאי מרכז את טיפול צה"ל בבקשות חנינה המוגשות על-ידי חיילים לנשיא המדינה. בתוך כך, קציני בית הספר מטפלים בבקשות חנינה של חיילים שהורשעו במערכת המשפט הצבאית, ומלווים את הטיפול של ועדה מטעם קצין החינוך הראשי בבקשות למחיקת רישום פלילי של חיילים שהורשעו לפני גיוסם לצה"ל.

בית הספר למשפט מפעיל את מזכירות הוועדה הצבאית לעיון בעונש. ועדה זו, בראשות שופט צבאי, מוסמכת להורות על הפחתת תקופת מאסר שנגזרה על חייל, על-פי שיקולים שנקבעו בדין, בהם התנהגות במהלך תקופת הכליאה, סיכויי השיקום שלו, ושיקולים צבאיים ייחודיים.