מסלול הלוחמים בשייטת 13 מתחיל בחמישה חודשי הכשרת חי"ר הנערכים בבסיס הטירונים של חטיבת הנח״ל, שסיומה של תקופה זו הלוחמים מוסמכים כ"רובאי 07" ומגיעים לשייטת.
בשלב המכין, האורך כשלושה חודשים, נחשפים הלוחמים בהדרגה לפעילות השייטת ולומדים להכיר מקרוב את סביבות הלחימה הימית והיבשתית.
בשלב הייעודי, שאורך כשנה, מתמקצעים הלוחמים בתחומים ייחודים, הכוללים צלילה קרבית, תקיפה באמצעות כלי שיט וביצוע מבצעים מיוחדים. עם תום הכשרתם מקבלים הלוחמים את כנפי העטלף ומצטרפים רשמית למשפחת השייטת.
לוחמי השייטת מאופיינים ברמת כושר גופני גבוהה ובחשאיות בה הם פועלים. ישנן מספר תכונות המאפיינות את דמות הלוחם בקומנדו, בהן יכולת עמידה בלחץ, התמודדות עם מתח ומצבי קיצון, משפחתיות ורעות לצד חתירה למגע בשדה הקרב ויוזמה בשטח. רוב המבצעים בהם פועלים לוחמי שייטת 13 מסווגים, ורק חלקם המועט נחשף.
