הלוחמים בפלגות הבט"ש מבצעים משימות רבות במטרה להגן על הגבולות הימיים של ישראל ועל נמליה.
לוחמי הביטחון השוטף מבלים את רוב שירותם הצבאי בספינה שהופכת לביתם השני. כיום נמצאות בפלגות הבט"ש ספינות מסוג דבורה, דבור ושלדג, הפועלות בשלוש זירות: פלגה 914 בחיפה, פלגה 916 באשדוד ופלגה 915 באילת. אופי השירות בכל פלגה הינו שונה באופן המותאם לאיומים הזירתיים.
תפקיד הדבורן הוא תפקיד התנדבותי, ולכן כדי לשרת כדבורן צריך לעמוד בתנאי קבלה מקדימים, לסמן את התפקיד במנילה ולעבור גיבוש לוחם ימי. הכשרת הדבורן נערכת בבה"ד זרוע הים. עם סיום טירונות רובאי 03, ממוינים הלוחמים לשתי מגמות - מגמת שיט (ימאים) ומגמת השטה (מכונאים).
על מנת להכין את הלוחמים לתפקידם כלוחמים בפלגות הבט"ש, נחשפים החניכים במהלך הקורס לשבוע ס"ג, מסעות ואימוני כושר. לקראת סוף הקורס, כחלק מתקופת 'שהיות הסוף', מוצבים החניכים בפלגות בהן שובצו.
לאחר קורס של כשלושה חודשים, הופכים הלוחמים באופן רשמי ללוחמים בפלגות הבט"ש. את סיכת לוחם הביטחון השוטף יקבלו הלוחמים לאחר תקופה בפלגה בה צברו שעות ים וביצעו הסמכות בספינות.