תופעת הסמים והאלכוהול היא אחת התופעות הקשות ביותר באזרחות בכלל, ובצה"ל בפרט. בצה"ל אמות המדינה מחמירות יותר מאשר באזרחות, ואף סדרי העדיפות והקצאת המשאבים משתנים, מסיבות שונות:
ראשית, חיילי צה"ל מצויים פעמים רבות בסביבה עתירת סיכונים, ועל כן אם יהיו מטושטשים כתוצאה משימוש בסמים ובאלכוהול – תפקודם ייפגע, ויש בכך משום פגיעה בביטחון המדינה.
שנית, השימוש בסמים ובאלכוהול ביחידה הינו "זורע הרס", ויוצר אווירה של קלות ראש, והתרופפות מוחלטת של המשמעת, על כל המשתמע מכך.
שלישית, השימוש בסמים ובאלכוהול עלול להעצים תופעות של אלימות ומיניות, שלעיתים עשויות להיות שכיחות בסביבה צבאית יותר מאשר בסביבה אזרחית.

חרף השיקולים הנ"ל, השימוש באלכוהול איננו עבירה פלילית, ועל כן יש לנקוט הליך משמעתי כנגד החייל ביחידה. לעומת זאת, השימוש בסמים הוא עבירה פלילית, המחייבת מעצר וחקירה. לנוכח השיקולים הנ"ל, יש לקבוע שחייל המשתמש בסמים עובר עבירה שיש בה משום פיקוח נפש, ועל כן יותר לחלל את השבת כדי להפלילו ולהפליל את אלה שהשתתפו עימו במעשה. בשו"ת כחיצים ביד גיבור התיר לשוטרת מצ"ח לצאת לפעילות כנגד עברייני סמים בשבת, ובהערה לתשובה זו כתב הגר"א נבנצל:
"מסכים עם כל הנאמר בתשובה, ובפרט ביחס לסמים שזה פיקוח נפש ממשי".

חשוב לציין, שלעיתים חייל מעוכב על ידי משטרת ישראל כאשר השתמש בסמים מחוץ ליחידה. אם מדובר על סמים "קלים", המשטרה לא תחזיק את החייל, אלא תפנה ליחידת מצ"ח כדי שתבוא לאסוף אותו ולהעבירו למעצר. אם יחידת מצ"ח לא תאסוף את החשוד, המשטרה תשחרר אותו, וחקירתו לאחר השבת לא תהיה אפקטיבית, שכן יתאפשר לו להשמיד ראיות, ולנקות את גופו משאריות הסם. היות ואמות המידה לטיפול בעבירת הסמים בצה"ל אכן מחמירות יותר מאלה של משטרת ישראל, וכפי שפורט לעיל, יותר לחלל שבת לצורך איסוף העצור מתחנת המשטרה. אמנם, אם התקבלה פנייה מן המשטרה סמוך לצאת השבת, חובה להמתין ולאסוף את החשוד רק לאחר השבת.