תפיסת ההפעלה של יחידת מצ"ח היא תפיסת מג"ה – מניעה, גילוי, הרתעה. אפקט המניעה הוא מרכזי ביותר, ויחידת מצ"ח משקיעה מאמצים רבים כדי לייצר הרתעה משמעותית שתימנע עבריינות. כלי חשוב במניעה הוא פ.מ. – פעולות מנע, הכוללות "התגנבות" לבסיסי צה"ל בניסיון לאתר תקלות, ובכך לתת למפקדים כלי לשיפור המשמעת, הביטחון והבטיחות ביחידה. חוקרי מצ"ח המבצעים פעולות מנע מוצאים לעיתים קרובות ליקויים באבטחת המחנה, כלי נשק, תחמושת ואמל"ח מופקרים, מסמכים מסווגים שאינם שמורים וכן הלאה. בסקרים שונים שנערכו נמצא, שכשליש מפעולות המנע חושפות תקלות שהן בגדר פיקוח נפש.

מבחינת ההלכה פעילות מנע הינה פעילות מבצעית, שמעיקר הדין מותרת בשבת ובמועד, כדרך שגם משטרת ישראל מסיירת ומפגינה נוכחות בשבת. הצורך בפעילות מנע מתעצם בסופי-שבוע, שכן החשש מפני עבירות משמעת משמעותי יותר, לאור יציאת מפקדים רבים לחופשת השבת. עם זאת, היות ולדעת מפקד מצ"ח, שהוא הגורם המקצועי המוסמך ביותר, ניתן להשיג את אותן תוצאות של מניעת עבריינות בפעילות המתבצעת בסוף השבוע עד לכניסת השבת, והמתחדשת מייד עם צאתה, אין היתר לחלל את השבת לצורך פעולות אלה.

לכן, אין לבצע נסיעה מיוחדת בשבת כדי לערוך פעילות מנע אקראית ביחידה מסוימת. עם זאת, אם ניתן לבצע את פעילות המנע בלא נסיעה, למשל כאשר החוקרים שוהים בבסיס סמוך לבסיס הנבדק למשך כל השבת, כך שמתאפשרת הגעה רגלית – הדבר מותר.

לעומת הנ"ל, פעילות יזומה המבוססת על מידע מודיעיני מדוייק לאיתור עבריינים – מותרת בשבת אם אמנם מדובר על עבירות מסכנות חיים מבין אלה המפורטות לעיל.