ייעוד מערכת בתי המשפט הצבאיים באזור יהודה ושומרון הוא ליישם ולהטמיע את שלטון החוק, על ידי שפיטת נאשמים בביצוע עבירות ביטחוניות או עבירות פליליות אחרות, שנעברו באזור או שנועדו לפגוע בו, ועל ידי קיום ביקורת שיפוטית על החלטות מנהליות, בהתאם לסמכויות המוקנות לה. זאת, תוך עצמאות שיפוטית, הבטחת הליך הוגן וקיום משפט צדק.
"אמת ומשפט שלום שפטו בשעריכם"
(זכריה ח' טז')
