יחידת מגלן הוקמה ביוני 1986 כיחידת עילית שמתמחה בלוחמת נ"ט תוך שימוש באמל"ח מתקדם. סיסמת היחידה "בהשקט ובבטחה תהיה גבורתכם" מעידה רבות על אופיה.

יחידת "מגלן" היא יחידת קומנדו שיעודה הוא פעילות בעומק שטח האויב תוך התמחות בתקיפה והשמדת מטרות איכות וביצירת מודיעין מדויק, כל זאת בעזרת אמצעי לחימה ייחודיים ומתקדמים.

ליחידה גם פלגת פיתוח אמל"ח מתקדמת שתפקידה מציאת פתרונות יצירתיים וחידושים טכנולוגיים בהתאם לצרכיה המבצעיים ולפעילויות הסודיות של היחידה.

שם היחידה נבחר על שם ציפור המגלן, וכן על פיה עוצבה סיכת היחידה. על בחירת השם אמר מפקד היחידה הראשון, סא"ל (מיל') דני הרמן: "זו ציפור שהייתה מאוד נדירה בארץ אבל נקלטה והחלה מקננת בה, כלומר הצליחה להסתגל לחיים פה ובעצם להשתלב במדינה הצומחת. בנוסף, מצד אחד יש לה יכולת להסתוות ולהיות צנועה, ומצד שני לדעת למצוא מזון ולא לחשוש, גם אם יש נוכחות של אנשים בסמוך לה".