ב-5 ביוני 1967 פרצה מלחמת ששת הימים, ושלב הפציחה נפל בעיקרו על כתפי חיל האוויר. הוטלו על החיל שתי משימות: (1) חיסולו של חיל האוויר המצרי ביום הלחימה הראשון. (2) הגנה על שמי מדינת ישראל מפני מטוסיהן של מדינות ערב האחרות. מטרת המבצע, שכונה "מבצע מוקד", הייתה להשמיד את חיל האוויר של האויב בשש השעות הראשונות של הלחימה.
חיל האוויר הקצה כמעט את כל מטוסיו לשם התקפה על חיל האוויר המצרי, והוא הושמד על הקרקע (197 מטוסים, מהם 8 בקרבות אוויר). התיכנון המדוקדק, ההכנות הקפדניות והביצוע המדוייק הביאו להשמדת חיל האוויר המצרי בזמן קצר יוצר מהמתוכנן, וכוחות היבשה שהבקיעו את מתחמי האוייב בסיני, נהנו משמיים נקיים ממטוסי אוייב.
בצהרי ה-5 ביוני הוסיף ותקף חיל האוויר הישראלי את חיל האוויר הירדני, השמיד מחצית מהכוח האווירי של סוריה, ושלושה מטוסי ווטור הגיעו עד עיראק.
פירוט אירוע ההיעדרות
דן אראל ז"ל היה טייס בטייסת סופר מיסטר ביום בו פרצה מלחמת ששת הימים, 5 ביוני 1967. מבנה המטוסים בו צוות דן אראל ז"ל כלל את מפקד הטייסת אהרון שביט, ירמיהו קידר ואלי זהר. המבנה המריא בשעה 07:19 ויעדו היה בסיס אינשאס. מטוסי הסופר מיסטר טסו בגובה נמוך על מנת להימנע מגילוי מוקדם על ידי תחנות המכ"מ המצריות. אולם, מכיוון שמבנה הסופר מיסטרים היה בגל השני שתקף את אינשאס, גורם ההפתעה אבד, וכשהמטוסים נסקו כדי לבצע הפצצת צלילה על המסלולים נפתחה לעברם אש נגד מטוסים כבדה. מטוסו של דן אראל ז"ל נפגע ככל הנראה מאש נ"מ, התפוצץ באוויר והתרסק. דן אראל ז"ל לא נראה נוטש את מטוסו שככל הנראה התרסק בתחומי הבסיס המצרי.
בצילום אוויר של בסיס אינשאס שבוצע כשעתיים לאחר התקיפה נראה אתר התרסקות מטוס וסביבו אנשים.
לאחר הסכם השלום עם מצרים יצאה משלחת של צה"ל לבסיס אינשאס בניסיון לאתר את שרידי גופתו של דן אראל ז"ל, אולם ללא הצלחה.