מראשית מלחמת העצמאות נותקו ישובי גוש עציון מירושלים העברית והתנועה לגוש וממניו התנהלה בשיירות שחלקו לא על ידי הברטים ולא על ידי נוטרים עבריים. בראשית חודש ינואר הותקפו כמה שיערות בדרכן אל הגוש ונהרגו אזרחים ומלווים.
פירוט אירוע ההיעדרות
ביום ג', ב' בשבט תש"ח, 13.1.1948, יצאה השיירה בה השתתף עובדיה זרובבל בדרכה חזרה מגוש עציון לירושלים. השיירה שכללה מספר משאיות ומונית יצאה בסביבות השעה 05:30 מהגוש והגיעה לאזור בריכות שלמה. ליד שער אל ח'אדר השיירה נתקלה במספר מחסומי אבנים, שמנעו מהמונית שהייתה בשיירה להמשיך בדרכה. אחד מנוסעי המונית, חנוך זילברשטיין, מרבדים שבגוש עציון, יצא לפנות את המחסום.
אש נפתחה מהמערב, וחנוך נפצע.
ממשאית הנוטרים שנסעה מאחורי המונית, קפץ הנוטר-חובש עובדיה זרובבל ז"ל לסייע לפצוע.
בעודו מגיש לחנוך טיפול, המשיכה השיירה בדרכה, והותירה את השניים בצידי הדרך.
במהלך היום יצאו שוטרים בריטים לאתר את שני הנעדרים. הם מצאו גופה חרוכה, במרחק של כשלושה קילומטרים ממקום האירוע. הגופה הובאה על ידי הבריטים לירושלים, וזוהתה כגופתו של חנוך זילברשטיין.
גופת הנעדר עובדיה זרובבבל ז"ל לא נמצאה עד היום, ולא ידוע מה עלה בגורלה.
היו ניסיונות של הבריטים לברר הנושא אך ניסיונותיהם לא העלו דבר.
עם חתימת הסכמי שביתת הנשק עם ירדן, יצא הרב גורן להביא גופות של חללי המלחמה שנהרגו ונשארו מאחורי קווי האויב. אלא שגופתו של עובדיה לא נמצאה.
לאחר מלחמת ששת הימים נערכו חיפושים נרחבים למציאת גופתו של עובדיה זרובבל זאת על פי ידעות שנאספו מערבים תושבי הסביבה. אך הידיעות שנתקבלו לא סייעו באיתור מקום קבורתו.
במסגרת החקירה המתנהלת בניסיון לאתר את אשר עלה בגורלו של עובדיה זרובבל נעשו ניסיונות לאתר את מקום קבורת גופתו. מידע שהתקבל במהלך החקירה הוביל את החוקרים לחיפושים נרחבים בשטחים שבאזור ההתקפה. על פי מידע זה גופתו של עובדיה הושלכה לבור מים או למערה. בחיפושים נסרקו בשיטתיות ובאמצעים מיוחדים מערות ובורות מים באזור המשוער, אך כל החיפושים לא העלו דבר.