ביום ה-11 ביולי 1948, במסגרת מבצע "דני" נכבשה העיר לוד על ידי כוחות חטיבת "יפתח". הכוח נבלם בפאתי העיר, אך פריצה של טור ממונע של "גדוד הקומנדו", בפיקודו של משה דיין, תוך אש לכול הכיוונים היממה את האוייב ואיפשרה ללוחמי "יפתח" להשתלט על העיר.
בשבת ה-12 ביולי 1948 החל הגדוד השלישי של הפלמ"ח, בפיקודו של משה קלמן, לרכז את הגברים תושבי העיר לוד, במסגד הגדול, ולאסוף את נשקם.
על פלוגה א' הוטל לסרוק את הרחובות ולבדוק שהכל בעיר מתנהל כשורה. הכוח נע ברחובות לוד על מנת להפגין נוכחות. סדר התנועה היה כיתה מלפנים וכיתה מאחור. מיכאל כהן ז"ל היה בכיתת החוד.
בדרכם ברחוב הראשי, מול השוק, הופיעו מול הכוח שני משוריינים שנחשבו בטעות למשוריינים של גדוד הפשיטה של חטיבה 8. כיתת החוד נעה לכיוון המשוריינים וכשהגיעה כ-20 מטר לפני המשוריינים ירה אחד המשוריינים פגז לעבר הכיתה. רוב חיילי כיתת החוד והכיתה האחורית קפצו לתעלות הנ"ט שהיו בצד ימין של הכביש, רק מיכאל כהן ז"ל נראה קופץ שמאלה לכיוון בתי העיר. אש נורתה מכל הכיוונים ולתעלות נזרקו רימונים. בשוך האש חילצו עצמם החיילים, כשהם מפנים את ההרוגים והפצועים, לכיוון מפקדת הפלוגה באזור המסגד הגדול. התברר שמיכאל כהן נעדר, הכיתה נערכה לחיפושים באור אחרון והמשיכה בכך למחרת היום אולם מיכאל כהן ז"ל לא נמצא.
ב-13 ביולי 1948 קיבל הגדוד השלישי משימה אחרת ועזב את העיר לוד. את הפיקוד על העיר קיבלה חטיבת החי"ש "קרייתי".