על פי החלטת האו"ם מכ"ט בנובמבר 1947, שחילקה את ארץ-ישראל לשתי מדינות יהודית וערבית, אמורה הייתה יפו להישאר לצד תל אביב כמובלעת ערבית בתוך השטח שיועד למדינה היהודית.
התוכנית הבריטית לפינוי ארץ-ישראל התבססה על ההנחה שכביש יפו-רמלה-ירושלים יישאר פתוח לתנועה עד לסיום המנדט, ומסרים ברוח זו הועברו לשני הצדדים, אך לאחר מבצע נחשון בראשית אפריל 1948 השתלטו כוחות ה"הגנה" על השטחים שסביב יפו והביאו את העיר במצור. בפועל נמנעו לוחמי ה"הגנה" מלהיכנס אל תחומי העיר עצמה ולא כבשוה כפי שהיה בחיפה ובטבריה, היות וראשי הישוב הניחו שהמצור והמחסור יכניעו את העיר ממילא.
מטרת מבצע "חמץ" הייתה, בהתאם, לטהר את השטח שבין החטיבות של ה"הגנה" ששלטו על האזור ולחסל את המובלעת הערבית שהייתה נעוצה כמשולש שקודקודו סמוך ליפו והוא מתרחב כלפי מזרח, כאשר גבולו המזרחי משתרע בין הכפר יהודיה, אזור שדה התעופה של לוד ועד העיר רמלה. שלוש חטיבות חי"ש (חיל שדה) של ה"הגנה" הקיפו את האזור הערבי "אלכסנדרוני" מצפון וממזרח, "קרייתי" מצפון בתוך תל-אביב, ו"גבעתי" מדרום, תוכניתם הייתה להשתלט על כל האזור הכפרי שממזרח ליפו, שכלל את הכפרים: סלמה, חיריה, סקיה, יאזור, כפר-ענה, ספריה, ובית דגן.
התקפת האצ"ל על מנשיה ביום ה-26 באפריל שיבשה את תוכנית ה"הגנה" והביאה להקדמת המבצע, היות והתקפת האצ"ל עמדה בסתירה עקרונית להגיון המבצעי של "חמץ" שגרסה השתלטות על המרחב הכפרי סביב יפו מבלי להגיע להתנגשות ישירה עם הצבא הבריטי שחנה בעיר ובסביבתה הקרובה.
פירוט אירוע ההיעדרות-
בחול המועד פסח 1948, כאשר נפתח הקרב על יפו, צורפו שמואל וכטפוגל ויעקובי נחמיה זכרם לברכה ליחידת הפורצים. ביום הראשון לקרבות, ב-27 באפריל 1948, השתתף שמואל ז"ל בהתקפה על מנשיה, בגזרת תחנת הרכבת. בעת התקפה על עמדה ערבית, סמוך לגדר תחנת הרכבת, קפצו חברי החוליה, בה לחם שמואל ז"ל, לכיוון אחד והוא נראה קופץ, מעבר לגדר, לכיוון השני ומאז נעלמו עקבותיו. יעקובי נחמיה ז"ל נעדר מהקרבות יומיים לאחר מכן, ב-28 באפריל 1948, כאשר רץ בין עמדות מקלעים בכדי להעביר תחמושת.