ב-14 במאי 1948 החל מבצע "קלשון", שמטרתו הייתה להשתלט על האזורים, שיפונו על ידי הבריטים, ברחבי העיר וכן על שטחים, שבשליטת הערבים, במגמה ליצור רצף טריטוריאלי עברי בירושלים. במסגרת המבצע נכבש מנזר נוטרדאם, המרכז המסחרי ובית טאנוס, המשקיף על שער יפו ומגדל דוד.
באותו הזמן נמשכה הלחימה ברובע היהודי בעיר העתיקה. הרובע המנותק עמד בהתקפות כבדות, כששטחו מצטמצם והולך. התקפה כבדה נערכה ב-17 במאי 1948, ובעקבותיה הצטמצם השטח המוחזק על ידי המגינים לכ-100 מטר מרובע. המגינים, שסבלו נפגעים רבים ומחסור בתחמושת, שיוועו לעזרה, וכן היה חשש מטבח באוכלוסייה האזרחית, אם ייפול הרובע. מצב הרובע העניק דחיפות לכיבוש שער יפו ומגדל דוד.
מטה מחוז ירושלים החליט על ביצוע הפעולה, שנועדה להיערך בליל ה-17-18 במאי. מפקד המחוז ביקש מחטיבת "הראל" להקצות כוח לביצוע פעולת הסחה לעבר הר ציון ובקשתו נענתה.
בפקודת המבצע כתוב: "התקפה זו היא פעולת הסחה לפעולת "עציוני" (הכוונה לחטיבת "עציוני"), במגדל דוד, אך אם אפשר לכבוש את הר ציון יש לכבשו".
למשימת הכיבוש רוכזו הכוחות הבאים:
3 מחלקות מפלוגה א' בפיקודו של אורי בן ארי - כח פריצה.
2 מחלקות מפלוגה ג' בפיקודו של דוד אלעזר ז"ל - כוח עתודה בימין משה.
פירוט אירוע ההיעדרות-
פרנקו מרדכי ז"ל שירת כחובש קרבי בגדוד 4, גדוד "הפורצים", של חטיבת הראל.
ב-17 במאי 1948 הוטלה על גדוד זה משימה לכיבוש הר ציון, במסגרת פעולת הסחה למבצע של חטיבת "עציוני", היא חטיבת ירושלים (שמטרתו הייתה פריצה לעיר העתיקה ושחרור הרובע היהודי).
ב 23:00 בוצעה פעולת ריכוך והרעשה על ידי דוידקה, תותח, 2 ליטראות ומרגמות. מחלקת החוד של פלוגה א', מחלקה מספר 1 , בפיקודו של מוטי פורת ז"ל, יצאה מימין משה לכיוון הכביש והגשר שבין בריכת הסולטן לגיא בן הינום. המחלקה עלתה לכיוון הר ציון, בחלקו המערבי, וכבשה את המנזר הנמצא שם?בי"ס ע"ש הבישופ גובאט. במהלך הקרב נזרק רימון יד אל פתח הכניסה של המנזר, שבראש שביל ההתקדמות. הרימון פגע בדלת, או בעצם אחר, התגלגל חזרה אל התוקפים והתפוצץ ביניהם. בהתפוצצות זו נהרג מרדכי פרנקו ז"ל. באותה התפוצצות נפצע בחזהו בחור בשם חיים.
הכוח הפורץ המשיך במשימתו והחובש אליעזר לויטה נשאר ליד פרנקו ז"ל, מעדותו ברור כי פרנקו ז"ל היה הרוג מכיוון שלא היה לו דופק ולא נשם. מאוחר יותר נקרא אליעזר לויטה לעלות להמשך הקרב.
לאחר כיבוש המנזר התפצל הכוח לשניים: מחלקה אחת פנתה למדרון הדרומי וכבשה את מנזר הנשים, ואילו השניה פנתה לחלקו הצפוני של ההר והשתלטה על כנסיית דורמיציון. מפקדת הפלוגה ומחלקה 1, מחלקת הפריצה, נותרו במנזר אשר נכבש בראשונה.
במברק של מטה הראל-פלמ"ח מ-20 במאי 1948 06:00 נאמר כי מנין הפצועים בליל ה-18 במאי 1948 הינו 11 והרוג אחד, שהועברו אל העיר המערבית. לא ברור אם הפצועים וההרוג הועברו לבית החולים האיטלקי או לבית החולים "שערי צדק".
מהלך החקירה-
החקירה על מקום קבורתו של מרדכי פרנקו החלה בסוף שנות התשעים של המאה העשרים. הנחת היסוד של החוקרים הייתה שפרנקו נקבר בירושלים זמן קצר לאחר נפילתו. הנחה זו התבססה על מסמך שנמצא בארכיון צה"ל מה-22.5.48, 17:33 אחה"צ (חמישה ימים אחרי נפילתו), שמציין מפורשות כי הוא נקבר בירושלים.
בשנת 2002 הועברה החקירה לידי גור אלרואי, אשר במהלך ביקור בארכיון צה"ל, מצא את יומן האלחוט של הגדוד הרביעי ובו שדר מהתאריך 22.5.48, 8:30 בבוקר, שמתייחס לפרנקו ומקום קבורתו. במסמך נכתב מפורשות שמרדכי פרנקו ומרדכי אביכזר נקברו בקריית ענבים. זו הייתה פריצת הדרך בחקירה, ובעקבותיה עבר מוקד החקירה מירושלים לקריית ענבים. בסדרת בדיקות שנעשו בבית העלמין, שכללה בדיקת GRP (רדאר חודר קרקע), התאמתה ההשערה שפרנקו מרדכי נקבר בקריית ענבים סמוך למרדכי אביכזר.