חלוצי הצבא המצרי, יחידת "האחים המוסלמים" הסדירים למחצה, חדרו לנגב בראשית מאי 1948, וב-10 במאי תקפו את כפר דרום, אך נהדפו. ב-14 במאי, עם נסיגת הבריטים, תפסו את משטרת עיראק סואידן ("מצודת יואב" היום).
הצבא המצרי הסדיר פלש ב-15 במאי ותקף את נירים וכפר דרום, אך נהדף. ב-16 במאי החלו המצרים בריכוז כוחות מדרום ליד-מרדכי. חשיבותו של הקיבוץ הייתה במיקומו ליד הכביש הראשי מעזה צפונה, לעבר תל-אביב, שהיה חיוני למצרים, והם לא יכלו להמשיך בהתקדמותם על ציר זה מבלי לכבוש את הקיבוץ. ההתקפה על יד-מרדכי החלה ב-19 במאי.
קיבוץ יד-מרדכי, שעדיין לא מלאו לו חמש שנים , ניסה להדוף את ההתקפות של הצבא המצרי. המגנים מנו כ-150 חברים וכמה עשרות לוחמי פלמ"ח, מול הצבא המצרי שמונה אלפי חיילים. במשך שישה ימים בלמו חברי הקיבוץ את ההתקפות החוזרות ונשנות של הצבא המצרי. חברות הקיבוץ לחמו לצידם של החברים ואילו ילדי הקיבוץ פונו מבעוד מועד.
ביום השישי לקרבות אזלה התחמושת, התגבורת המיוחלת של הפלמ"ח לא הגיעה, וחברי הקיבוץ הגיעו לאפיסת-כוחות. לאחר שהתקבלה פקודת נסיגה החלו חברי הקיבוץ לסגת לכיוון צפון-מזרח. עשרים ושלושה חללי הקרבות נקברו בקבר-אחים לרגלי הגבעה עליה עמד - פגוע - מגדל המים. הצבא המצרי כבש את יד-מרדכי, והניף את דגלו על מגדל המים. רק לאחר חצי שנה שוחרר הקיבוץ במסגרת מבצע "יואב".
פירוט אירוע ההיעדרות-
הקרב על הקיבוץ ערך חמישה ימים, מה-19 במאי 1948 ועד לי 23-24 במאי, שבו פונה הקיבוץ. הפינוי התחיל בסביבות השעה 03:15. הנסוגים החלו לנוע בטור מאזור התעלה של עמדה 7, וחצו את הואדי באזור הגשר ההרוס. תוך כדי תנועה מזרחה לכיוון קיבוץ גברעם, הותקף הטור שמנה כ-100 איש כולל חברי משק ולוחמי פלמ"ח. הטור התפזר, האנשים הגיעו באופן עצמאי לגברעם, ואז הרגישו בחסרונם של שלושת הנעדרים.
בנימין אייזנברג ז"ל, לוחם הפלמ"ח הפצוע, נישא באלונקה. חבר הקיבוץ לונק דרורי נשא את האלונקה כמעט מחצית הדרך לגברעם, ואז הוחלף על ידי ליבקה שפר ז"ל. חבר הקיבוץ שולק וכטל היה כנראה האחרון שראה את יצחק רובינשטיין ז"ל וליבקה שפר ז"ל נושאים את האלונקה ומיהר להזעיק עזרה, אך כשהגיעה העזרה השלושה כבר לא נמצאו במקום.
קיימות מספר עדויות סותרות, שאף אחת מהן לא אומתה, על גורלם של שלושת הנעדרים. עדות אחת גורסת שהם נהרגו במקום על ידי המצרים. עדות אחרת גורסת שהם נלקחו חיים בשבי והוצגו לראווה בכפרי האזור ובעזה. עדות שלישית מוסרת כי גופה אחת נותרה בשטח ושתי גופות הובאו למגדל.
גופתה של ליבקה שפר אותרה ב-4.1949 והיא נקברה בקבר האחים בניצנים. החיפושים אחרי שני המקל"נים עדיין נמשכים.