בחודש אוגוסט 1948, קיימה חטיבת "הראל" מספר קרבות כנגד הצבא הירדני והכפרים הערביים בגזרת פרוזדור ירושלים, במגמה להרחיב את השליטה הקרקעית מצפון ומדרום לכביש לטרון-שער הגיא-ירושלים. על-פי המסמכים אירע הקרב בליל ה-13 באוגוסט 1948, אך לפי עדויות הלוחמים ב-14 באוגוסט.
כוח פלמ"ח מחטיבת "הראל", שישב בתל ארזה, התארגן לקראת יציאה לכיבוש משלט אבו-לחם. חודש לפני כן, ממש לפני כניסת ההפוגה השנייה לתוקף, ניסו כוחות הפלמ"ח לכבוש את המשלט, אך לא הצליחו. עשרה חללים נשארו בסביבות אבו-לחם (הגופות הוחזרו מאוחר יותר). חשיבותו של משלט אבו-לחם נבעה ממיקומו השולט על כביש רמאללה-לטרון, ושליטתו מצפון על מעלה החמישה וקריית-ענבים, אשר על הכביש לירושלים.
כוח הפלמ"ח, בפיקודו של שמואל גלינקר, חולק לשתי קבוצות, ונכללו בו לוחמים ממחלקת הצופים מתל-רעם (תל-ג'מע), סיירים, צלפים ולוחמים חבלנים מהכשרת נגבה – כפר מנחם. כמו-כן היו גם מספר אנשי גח"ל. שמואל אברהם קוטר, מהכשרת גזר, שהיה חובש במקצועו הצבאי, החליף בפעולה זו את רפי הראובני, שהיה חובש מחלקתי. שמואל ז"ל ישב במעלה החמישה, ולא היה לו שיבוץ קבוע אלא בכל פעם הצטרף ליחידה אחרת, לפעולה אחרת. באותו היום התארח שמואל ז"ל בעלה החמישה אצל חנה יקר, גם היא מהכשרת גזר. בשעות הצהריים יצא לכיוון תל-ארזה. שמואל הגיע למקום הכינוס כשהכוח התארגן ליציאה. הוא עלה על המשאית, וזו נעה לכיוון הר הרוח – משלט הרגמים, שם ירד הכוח והחל את דרכו ברגל, כאשר הוא עוקף את הר הרוח ממערב. הכוח ירד בכיוון הוואדי למרגלות שלוחת אבו-לחם. בוואדי התמקמה תחנת האיסוף הגדודית, והכוח המשיך את דרכו בשתי קבוצות לכיוון צפון מזרח, במעלה השלוחה. עוד לפני הגיעו לקרבת משלט אבו-לחם, נתקל הכוח באש ירדנית חזקה. מספר אנשים נפגעו מיידית, כוח האויב קיבל תגבורת אשר הגבירה את האש, ולכוחותינו ניתנה פקודת נסיגה מיידית. כל לוחם נס על נפשו. סיפר אהרון שרון: "נפצעתי וירדתי חזרה בכוחות עצמי. הכוח נסוג לכיוון תחנת האיסוף, ופצועים טופלו במקום". כל הכוח חזר לכיוון הר הרוח, וחבר אל המשאית אשר הובילה אותו חזרה למוצא. רק שם התברר לכוח כי שמואל לא חזר. אף-אחד לא ידע מה עלה בגורלו, ואף אחד לא ראה אותו נפגע.
שמואל אברהם קוטר ז"ל היה הנעדר היחיד בפעולה זו. לאחר כשנה ומחצה, בתאריך ה-25 בינואר 1950, אסף הרב יצחק מאיר, בעזרת עדויות לוחמים ומפקדים, עדויות קציני לגיון ורועים מקומיים, עשר גופות לוחמים אשר נמצאו בדיר איוב, בחרבת נוקייב ובבית נובא. שבעה מהחללים נקברו בבית הקברות בהר הרצל, בקבר אחים תחת שמותיהם. שלושה חללים נקברו כאלמונים. בשנת 1995 נפתחה חקירה בנושא האלמונים בהר הרצל, ונתבררה זהותם של שניים מהאלמונים: עמנואל פוגל ז"ל ופרץ צוקרמן ז"ל. קבר יחיד נשאר אלמוני.
על-פי אזור מציאת הגופה, "אזור בית נובא", ועל-פי תיאור המקום ממנו היא הועברה, החליטו ראש אגף כוח-אדם והרב הצבאי הראשי לזהות את האלמוני האחרון שנותר מבין עשרת החללים כשמואל אברהם קוטר ז"ל.