לאחר שנתקלו בהגנה עיקשת בהתקפתם על עמק הירדן, העתיקו הסורים את מאמציהם צפונה, לגזרת משמר הירדן. האחריות על מרחב הגליל העליון-המזרחי הוטלה על חטיבת "עודד", שזה עתה הוקמה, ועמדה בלחימה בשני מוקדים :מלכיה ומשמר הירדן.
ההתקפה הסורית הראשונה על משמר הירדן נערכה ב-6 ביוני, כאשר הם מטילים למערכה כוחות חי"ר, שריון, ארטילריה ואוויר. החי"ר הסורי התקדם לעבר המושבה אך נהדף מאש המגינים, בעיקר בעזרת סיוע ארטילרי, שהוצב במחניים והנחית אש יעילה על התוקפים. באותו יום לא הצליחו הסורים להעביר כוח שיריון למערב הירדן ונסוגו. לאחר התארגנות וריכוז כוחות נוספים, תקפו הסורים שנית ב-10 ביוני. בהתקפה זו הצליחו הסורים להעביר שריון, תקפו את משמר הירדן, ולקראת הצהריים כבשו את המושבה. הסורים ניסו לנצל את הצלחתם ולהתקדם לעבר מחניים וראש פינה ועל ידי כך לנתק את אצבע הגליל. חטיבת "עודד", בסיוע כוחות תגבורת, ריכזה את המאמץ לבלימת התקדמות הסורים והצליחה בכך. קרבות עזים התנהלו בגזרה זו, למרות ההפוגה שנכנסה לתוקפה ב-11 ביוני.
בין ה-9 ל-10 ביוני 48, תקפו הסורים את המושבה, בכוחות גדולים בליווי טנקים. הסורים חדרו למושבה מכיוון מזרח והדבר התגלה למגינים רק בשעה 01:00 לערך. כל אותו הלילה התנהל קרב פנים אל פנים, עקוב מדם, בין המגינים המעטים לבין כוחות האויב העודפים. הקשר בין העמדות, שהתנהל על ידי רץ, נותק וכן הקשר החיצוני עם מטה גדוד 11, בראש פינה.
לקראת סיום הקרב התרכזו מרבית המגינים במרתף אחד הבתים, בו הייתה ממוקמת המפקדה. בשעה 11:00 הודיעו המגינים על כניעתם לקצין מהצבא הסורי. עם חשיכה נבלם הכוח הסורי באיזור חירבת ירדה. רק לאחר חצות הגיע פליט מאחת העמדות במשמר הירדן, רוני שסקין ז"ל, וממנו נודע על נפילתה של המושבה לידי הסורים.
14 לוחמים מחברי המושבה, חברי האצ"ל ותגבורת מיישובי הסביבה, נפלו בקרב האחרון. שלושים וארבע גברים ושמונה נשים נלקחו בשבי הסורי, שנים עשר מתוכם פצועים, אחד נפטר מפצעיו בשבי הסורי. תשעה לוחמים הצליחו להימלט דרך השדות ולהגיע לראש פינה.
ב-20 ביולי 1949 נחתם הסכם שביתת נשק במסגרתו הוחזרו השבויים לישראל. בהתאם להסכם נסוגו הסורים ממשמר הירדן לעבר הירדן המזרחי.
פירוט אירוע ההיעדרות-
לאחר הקרבות, הוטמנו החיילים שנהרגו במשמר הירדן בקבר אחים בראש פינה, בעוד החיילים יעקב אייזיקוביץ,אברהם שטרלינגר ושלמה לוי זכרם לברכה נחשבו, כחללים שמקום קבורתם לא נודע, עד לשנת 2012. חקירה מאומצת של חוקרי היחידה לאיתור נעדרים (אית"ן) העלתה כי מקרבות משמר הירדן, אכן נותרו שלושה חיילים נעדרים מהקרב של ה-10.6.48 (ג' בסיוון תש"ח). בחקירת האירוע התברר כי שניים מהם הוטמנו בקבר האחים בראש פינה מבלי ששמותיהם צוינו עד כה וחלל נוסף, נקבר כאלמוני בבית הקברות הצבאי בנחלת יצחק (ת"א). זאת, מבלי שניתן לדעת מי טמון בראש פינה ומי טמון בת"א.
בשל העדר קרובים רלוונטים לכל השלושה ואי יכולת לבצע בדיקות DNA, הוחלט לאחר בחינת מקרים דומים מהעבר ובהתייעצות עם הרבנות הצבאית ובאישור ראש אכ"א על העברת קבר האלמוני מנחלת יצחק לקבר האחים שבראש פינה. בד' בשבט תשע"ג (16.01.2013) הונחו שלוש מצבות על שמם בקבר האחים ונערך טקס גילוי מצבה בהשתתפות המשפחות.